Медицинское обслуживание населения города осуществляет филиал Федерального государственного бюджетного учреждения здравоохранения «Сибирский клинический центр федерального медико-биологического агентства» - Клиническая больница №42. В структуре учреждения действуют: 6 амбулаторно-поликлинических учреждений в целом на 1510 посещений в смену, больничный комплекс на 535 коек, стоматологическая поликлиника на 250 посещений в смену.

Клиническая больница № 42 — это многопрофильное обособленное структурное подразделение Сибирского клинического центра ФМБА России, в котором трудятся 2000 человек. В коллективе — четыре кандидата медицинских наук, 70% врачей и 77% медицинских сестер имеют квалификационные категории. Семи специалистам присвоено звание «Заслуженный врач РФ», семи — «Заслуженный работник здравоохранения РФ», 30-ти — «Отличник здравоохранения». Медалями «За заслуги перед Отечеством» награждены 11 человек, 360 сотрудников являются ветеранами атомной энергетики и промышленности.

Филиал оказывает медико-санитарную помощь практически всему населению г. Зеленогорска и включает в себя:

• городскую поликлинику (оказывается квалифицированная специализированная, профилактическая, лечебно-диагностическая, консультативная помощь),
• детскую городскую поликлинику (оказывается медицинская помощь детям от 0 до 17 лет включительно),
• заводскую поликлинику (оказывается квалифицированная лечебно-диагностическая, специализированная, профилактическая, консультативная помощь сотрудникам градообразующего предприятия ЗАТО г. Зеленогорск ОАО «ПО «ЭХЗ»),
• стоматологическую поликлинику (оказывается стоматологическая помощь в рамках Программы государственных гарантий оказания бесплатной медицинской помощи. Также предусмотрено оказание услуг по договорам добровольного медицинского страхования);
• косметологическую лечебницу (является хозрасчетным структурным подразделением филиала ФГУЗ СКЦ ФМБА России КБ № 42). Специалисты оказывают высококвалифицированную специализированную помощь населению по поводу заболеваний кожи и других органов, сопровождающихся косметическими дефектами).