Здравоохранение ЗАТО Северск оказывает медицинскую помощь по производственно-территориальному принципу. На сегодняшний день существует заводское и городское здравоохранение, и такой принцип разделения связан с особенностями медицинского обслуживания работников основного производства на градообразующем предприятии (СХК) и всех остальных горожан. Причем программа государственных гарантий обеспечения медицинской помощью позволяет предоставлять весь спектр необходимых медицинских услуг и сохранять равный уровень, качество и доступность медицинской помощи в ЗАТО Северск и для тех, и для других.
Система здравоохранения Северска сегодня представляет разветвленную многопрофильную структуру, в которую входят:
- Клиническая больница № 81 (ФГБУЗ "КБ № 81" ФМБА России).
- Федеральное государственное унитарное предприятие «Северский биофизический научный центр» Федерального медико-биологического агентства.
- Медико-диагностический центр.
- Научно-исследовательский институт гастроэнтерологии им.Г.К.Жерлова Государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования Сибирского Государственного медицинского университета Росздрава.
- Федеральное государственное бюджетное учреждение здравоохранения Центр гигиены и эпидемиологии.
- Региональное управление № 81 Федерального медико-биологического агентства (Региональное управление № 81 ФМБА России).
- ОГУ "Реабилитационный центр для детей и подростков с ограниченными возможностями".
- Северский Перинатальный центр.
- две муниципальные аптеки с сетью аптечных пунктов.
Помимо этого, имеется несколько коммерческих аптек, стоматологических клиник и кабинетов. Работают частнопрактикующие врачи. Всего в сфере здравоохранения занято более трех тысяч медицинских работников. Восемнадцать врачей имеют ученую степень, семеро - почетное звание «Заслуженный врач России», 62 сотрудника отмечены правительственными наградами.