В 2006 году на ядерно-опасных объектах подразделения ведомственной охраны были выведены из подчинения администрации этих объектов. Вместо них были образованы филиалы ФГУП "Атом-охрана", оказывающие услуги по охране ЯОО на договорной основе.

Все мероприятия, разрабатываемые руководством ФГУП "Атом-охрана", направлены на безусловное выполнение задач по охране объектов в штатных и чрезвычайных ситуациях, на постоянное совершенствование системы и способа охраны объекта, на проведение постоянного анализа несения службы на постах и принятие мер по ее улучшению. Сотрудники, а в основном сотрудницы охраны осуществляют охрану всего периметра города Железногорска, работают на контрольно-пропускных пунктах, которых у города 7, а также охраняют все ядерно-опасные промышленные объекты горно-химического комбината.