История Железногорска тесно связана с развитием атомной промышленности России. В конце 1940-х годов в СССР ускоренными темпами велось строительство предприятий по производству компонентов ядерного оружия. По решению 1 Главного управления при Совете народных комиссаров СССР один из секретных заводов по наработке оружейного плутония требовалось разместить близ реки или озера (для забора воды на охлаждение реакторов), достаточно далеко от государственной границы, в несейсмичном районе около крупного промышленного центра и обязательно - под землей. По расчетам ученых, от ракетно-бомбового удара основной объект могла защитить 200-метровая толща земли.

По предложению заместителя начальника 1-го Главного управления при Совете Министров СССР А.П. Завенягина была выбрана площадка с горным массивом в среднем течении Енисея. В мае 1949 года по распоряжению И.В. Сталина для окончательного выбора места строительства в Красноярский край прибыла изыскательская экспедиция Ленинградского проектного института ГСПИ-11.

20 августа 1949 года на берег Енисея у деревни Додоново на пароходе "Мария Ульянова" прибыл отдельный строительный батальон в составе 800 человек под командованием подполковника Курносых. Военных передислоцировали из города Глазова для развертывания подготовительных работ по строительству будущего рабочего поселка.

Уже в октябре 1949 года был сформирован первый строительный район. Несмотря на суровые условия - ранние холода, жизнь в палатках, бездорожье и отсутствие механизмов, бойцы стройбата в короткий срок построили причалы для разгрузки барж со стройматериалами и первые склады, проложили 6 км гравийной дороги и начали строительство бараков. В конце октября поступил приказ стройку законсервировать, а личный состав передислоцировать в район Томска, оставив для охраны складов сто человек.

В марте 1950 года на место будущей стройки высадилась группа из 22 проектировщиков и изыскателей "Ленгипростроя", 15 апреля 1950 года в деревню Первомайскую прибыл начальник Управления строительства генерал-майор М.М. Царевский. В мае 1950 года по распоряжению МВД СССР создается исправительно-трудовой лагерь "Гранитный". Силами заключенных с мая по октябрь велось строительство железнодорожной ветки протяженностью 51 километр по маршруту "станция Базаиха Красноярской железной дороги - Соцгород". Введение в строй железной дороги дало возможность оперативно доставлять грузы на строительные площадки рабочего поселка и комбината.

А уже 15 августа 1950 года на перекрестке двух будущих улиц секретного города был забит первый колышек, давший начало строительству жилых кварталов.

Одновременно, летом 1950 года, начинаются работы по подготовке горнопроходческих работ в скальном массиве, предназначенном для размещения комбината № 815.

К 1953 году стройка приобрела глобальный масштаб. Вступили в строй деревообрабатывающий комбинат, кирпичный и бетонные заводы, были разработаны песчано-гравийные карьеры. В городской черте появились 234 жилых дома, в том числе 18 каменных, кинотеатр "Спартак", три школы, три столовых, детский сад, больничный городок.

17 марта 1954 года указом Президиума Верховного Совета РСФСР рабочий поселок комбината № 815 получает официальный статус города и имя: Железногорск - для закрытой переписки, партийных и советских органов, Красноярск-26 - для открытой переписки. К этому времени в Красноярске-26 построено и введено в эксплуатацию более 40 000 кв. м жилья, 5 школ на 1760 учащихся, объекты соцкультбыта и три внутриквартальных котельных.

В 1956 году город встречал десант добровольцев из Москвы и Ленинграда, прибывший на секретную стройку по призыву Н.С. Хрущева и ЦК ВЛКСМ. Из 2252 прибывших 948 человек были комсомольцами, пополнившими ряды строителей, монтажников, инженеров, учителей.

Одним из самых знаменательных в истории молодого города стал 1958 год. 19 августа 1958 года, всего через восемь лет после начала строительства, был пущен первый реактор Горно-химического комбината - АД. Второй реактор для наработки плутония-239 - АДЭ-1 был введен в строй всего через три года. В 1958 году ЦК КПСС и Совет министров приняли Постановление о переводе Красноярского машиностроительного завода на изготовление ракетной техники. В Постановлении говорилось о строительстве специального объекта - испытательной станции жидкостных ракетных двигателей с условным названием "Химзавод". Площадка Химзавода разместилась неподалеку от города, и в создании спецобъектов принимали участие строители и инженеры Красноярска-26. Испытательный стенд был построен за три года и сдан в эксплуатацию 31 декабря 1961 года.

В начале 1958 года руководство СССР принимает решение о необходимости массового производства ракет, способных выводить спутник на орбиту и при необходимости доставлять атомную бомбу в любую точку земного шара. Ракеты разрабатывали специалисты Особого конструкторского бюро № 1 под руководством С.П. Королева. 4 июня 1959 года выходит приказ Государственного комитета по оборонной технике об образовании в Красноярске-26 филиала ОКБ-1 под руководством 34-летнего заместителя Королева М.Ф. Решетнева.

1 ноября 1959 года на предприятие зачисляются 137 человек, 23 мая 1960 года образуются первые 11 отделов, а 2 июня 1960 года в Красноярск-26 приезжает С.П. Королев. После визита Королева строительство цехов ускоряется, и 31 декабря 1960 года первая партия гироприборов, собранных на предприятии, сдается заказчику. Через год, в январе 1962-го, с космодрома Капустин Яр была запущена первая ракета, собранная и испытанная специалистами Конструкторского бюро прикладной механики. Это было время развития и побед. Неслучайно именно в этот период город стал объектом внимания первого секретаря ЦК КПСС Н.С. Хрущева. 9 октября 1959 года он побывал в шахте, где к тому времени был запущен первый реактор, и посетил щит управления АД. В начале 1963 года Хрущев вновь приехал в Красноярск-26. На этот раз он осмотрел цеха "площадки-2" Красмаша, как тогда называли НПО ПМ.

В январе 1964 года осуществлен пуск реактора АДЭ-2 на ГХК, а в августе на орбиту выведены три спутника "Космос", разработанные в НПО ПМ. В это же время специалистами ГХК и ВНИПИЭТ  разработана и внедрена первая в мире схема использования тепла от реактора АДЭ-2 для теплоснабжения и горячего водоснабжения Красноярска-26. Чадящие внутриквартальные угольные котельные ликвидировали.

Наряду с промышленными объектами строились и хорошели жилые кварталы. В 1958 году силами жителей города было создано искусственное озеро, вокруг которого и началось строительство жилья. Первыми появились панельные дома серии 1-335, так называемые "хрущевки". А в 1974-м в Красноярске-26 началось строительство домов улучшенной планировки. К этому времени в городе сформировалась развитая инфраструктура, включающая в себя школы, детские сады, больничный комплекс, сеть продуктовых и промтоварных магазинов, предприятия бытового обслуживания, целый ряд спортивных и культурных учреждений. В городе действовали Театр оперетты, Театр кукол, 8 библиотек, музыкальная школа, и три кинотеатра.

К середине 1980-х секретный город пришел к необходимости воссоздания своей истории, и 27 августа 1988 года в Красноярске-26 был открыт городской музей. Основой первых экспозиций были страницы истории городских предприятий, но по прошествии лет благодаря сотрудникам музея были раскрыты многие неизвестные страницы жизни одного из городов "зеро".

Период 1990-х годов стал одним из самых сложных в истории города и его основных предприятий. В стране начался экономический кризис. Оборонный заказ на градообразующих предприятиях был сокращен, а по отдельным видам продукции приостановлен. Рабочие коллективы целых подразделений были отправлены в вынужденный простой, началась задержка заработной платы. В городе стали проходить митинги протеста. Тем не менее городу удалось сохранить основные производства и систему муниципальных градообеспечивающих предприятий. Одной из самых высоких в Красноярском крае оставалась и социальная обеспеченность жителей Красноярска-26.

14 июля 1992 года вышел Закон РФ о закрытых административно-территориальных образованиях (ЗАТО), юридически закрепивших существование территорий с расположенными на них военно-промышленными объектами. К числу ЗАТО был отнесен и Красноярск-26. 4 января 1994 года Постановлением правительства "Об официальном названии населенных пунктов ЗАТО" Красноярску-26 было присвоено имя Железногорск, обозначенное еще в Указе Президиума Верховного Совета СССР от 1954 года. В этом же году 28 июля Железногорск посетил Президент России Б.Н. Ельцин.

К концу 1990-х годов социально-экономическая ситуация в городе, как и в целом по стране, начинает понемногу стабилизироваться. Частично возобновляется государственный заказ на продукцию градообразующих предприятий, минимизируются задержки платежей по заработной плате.

В 1999 году город активно включается в международное сотрудничество. Создается Фонд "Международный центр развития - Железногорск", реализуются ряд программ: "Инициатива атомных городов", "Города-побратимы", программа студенческого обмена TIPS. В июле 2000 года Железногорск заключает соглашение о сотрудничестве с городами Алкоа и Мэривилл, округ Блаунт, штат Теннеси, США.

В июле 2004 года сессией городского Совета был утвержден Стратегический план развития города. Стратегически важными направлениями были признаны энергообеспечение, кадровое обеспечение, совершенствование инвестиционной привлекательности, улучшение взаимодействия с федеральными и региональными органами власти и формирование здорового образа жизни. Планируя свое будущее,Железногорск по-прежнему связывает его с градообразующими предприятиями. В настоящее время в Железногорске развиваются ядерные технологии, здесь выпускается 70% российских спутников гражданского назначения, создана мощная производственная база для промышленного и гражданского строительства.