Сфера здравоохранения в Трехгорном городском округе представлена структурными подразделениями Федерального медико-биологического агентства: ФГБУЗ ЦМСЧ № 72 ФМБА России, Региональным управлением № 72 ФМБА России, ФГБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии ФМБА России», Бюро медико-социальной экспертизы № 72 ФМБА России.

Кроме того, в системе здравоохранения города ведут свою деятельность оздоровительный центр «Санаторий-профилакторий ФГУП ПСЗ «Яхонт», медицинский кабинет МБУ «Физической культуры и спорта», аптеки различной формы собственности и их филиалы, а также активно развивающиеся структуры частной медицины. Все имеют лицензии на медицинскую и фармацевтическую деятельности.